ออแกน

เนื่องจาก คริสตจักรในประเทศเยอรมนี นิยมใช้ออแกน เป็นเครื่องดนตรีที่ใช้บรรเลงเพลงนมัสการในคริสตจักร โดยเฉพาะที่โบสถ์แห่งนี้เป็นที่ทำงานของ โยฮัน เซบัสทีอัน บัค นักประพันธ์เพลงชื่อดังของโลก ที่ได้ประพันธ์เพลงเพื่อนมัสการพระเจ้าคริสตจักรในเทศกาลต่าง ๆ ในช่วงที่ท่านทำงานประจำโบสถ์ในเมืองไลพ์ซิช แต่ออแกนที่ใช้ในยุคที่โยฮัน เซบัสทีอัน บัค ดำรงชีวิตอยู่นั้น ไม่หลงเหลือให้เห็นในปัจจุบันแล้ว ปัจจุบันในโบสถ์นักบุญโธมัส มีออแกนอยู่ทั้งสิ้น 2 หลัง ได้แก่

• ออแกนที่ตั้งอยู่ทิศตะวันตก ถูกสร้างขึ้นในปี ค.ศ. 1889 โดยวิลเฮล์ม เซาเออร์ เดิมเป็นออแกนที่มี 63 เสียงด้วย ต่อมาได้ถูกเพิ่มโทนเสียงขึ้นอีก 25 เสียง กลายเป็นออแกน 88 โทนเสียงเมือปี ค.ศ. 1908
• ออแกนที่ตั้งอยู่ทิศตะวันออกเฉียงเหนือ เป็นออแกนใหม่ที่ถูกสร้างขึ้นในปี ค.ศ. 2000 ขณะทำการบูรณะโบสถ์โดยงบประมาณสนับสนุนของสหภาพยุโรป โดยออแกนหลังนี้ถูกออกแบบ และสร้างตามแบบออแกนที่เคยใช้ในโบสถ์นักบุญเปาโล เนื่องจากตามข้อมูลประวัติศาสตร์ เชื่อว่า ออแกนหลังดังกล่าวเป็นออแกนหลังที่โยฮัน เซบัสทีอัน บัค มักจะใช้เพื่อแสดงผลงานเพลงด้วยตนเอง โดยออแกนหลังนี้ถูกสร้างขึ้นมาเพื่อทดแทนออแกนตัวเดิมที่ถูกสร้างในปี ค.ศ. 1967 โดยอเล็กซานเดอร์ ชูเกอร์ โดยออแกนหลังดังกล่าวถูกย้ายไปไว้ที่โบสถ์เซนต์มารี เมืองเฟือซเตนวาลเด ตั้งแต่ปี ค.ศ. 1999 จวบจนปัจจุบัน

โต๊ะพิธี

โต๊ะพิธีที่ใช้อยู่ในปัจจุบันนี้ เป็นโต๊ะพิธีที่นำมาจากโบสถ์นักบุญเปาโล เมืองไลพ์ซิช เนื่องจากโบสถ์นักบุญเปาโลถูกทุบทิ้งโดยมติคณะปกครองคอมมิวนิสต์ในช่วงหลังสงครามโลกครั้งที่สอง โดยเป็นโต๊ะพิธีนี้ถูกสร้างขึ้นตั้งแต่ในยุคศตวรรษที่ 15

บานหน้าต่างกระจก

บานหน้าต่างกระจกของโบสถ์เซนต์โธมัสนี้ ได้ติดตั้งเป็นกระจกแต่งสีในปี ค.ศ. 1889 เป็นเรื่องราวของพระเยซูทั้งสิ้น แต่ได้ถูกทำลายไปในช่วงสงครามโลกครั้งที่สอง จึงได้จัดทำกระจกแต่งสีขึ้นใหม่ โดยกระจกแต่งสีที่เห็นในปัจจุบัน ถูกจัดทำขึ้นใหม่ในปี ค.ศ. 2000 โดยมีทั้งสิ้น 5 บาน บรรยายเรื่องราวต่างกันตามลำดับ ดังนี้

• บานที่ 1 แสดงภาพรำลึกถึงเหล่าทหารเยอรมันที่เสียชีวิตในสงครามโลกครั้งที่ 1
• บานที่ 2 แสดงภาพกษัตริย์กุสตาฟ อดอลฟ์ที่สอง แห่งสวีเดน เพื่อรำลึกถึงเหตุการณ์สงคราม 30 ปี ที่พระองค์ยกทัพมาร่วมสงครามกับเยอรมนีและเสียชีวิตในบริเวณนี้ (บริเวณตอนเหนือของเมืองไลพ์ซิช)
• บานที่ 3 แสดงภาพมาร์ติน ลูเทอร์ และผู้ให้การสนับสนุนในการปฏิรูปศาสนา ได้แก่ อิเล็กเตอร์เฟรดเดอริกผู้ชาญฉลาดแห่งรัฐแซกโซนี และฟิลลิป เมลันชธอน ซึ่งเป็นผู้ที่ให้ที่พำนักแก่ มาร์ติน ลูเธอร์ และปกป้องเขาจากการตามล่าของวาติกัน เพื่อรำลึกถึงเหตุการปฏิวัติทางศาสนา ซึ่งได้เกิดขึ้นในรัฐแซกโซนี
• บานที่ 4 แสดงภาพเฟลิกซ์ เมนเดลโซห์น บาร์ธอลดี้ อดีตผู้อำนวยการวงดนตรีออเครสตร้า และนักประพันธ์เพลงเชื้อสายยิว ที่เคยมาดำรงตำแหน่ง ณ เมืองไลพ์ซิช
• บานที่ 5 แสดงภาพกษัตริย์ไกเซอร์ วิลเฮล์มที่ 1 กษัตริย์พระองค์แรกของเยอรมัน